בנוסף, אלי היה שותף לוועדת ממשקים בין נאמני 102 לרשות המיסים ושע"מ וכתב את דו"ח הועדה הסופי אשר הוגש למנהל רשות המיסים.
אלי שימש במשך 7 שנים כמנהל תחום מיזוגים במחלקת שינויי מבנה בחטיבה המקצועית ברשות המיסים במסגרת תפקידיו במחלקת שינויי מבנה היה שותף למאות החלטות מיסוי בגין עסקאות שונות, מורכבות ומגוונות שבוצעו בישראל ומחוץ לישראל. בנוסף, היה שותף לתיקוני חקיקה בחוק המיזוגים פיצולים (האחרון בהם היה תיקון 242 לפקודת מס הכנסה) לכתיבת חוזרים מקצועיים ומסלולים ירוקים.
במהלך תקופת עבודתו בחטיבה המקצועית שימש אלי גם כרפרנט מקצועי לפקיד שומה חדרה ולפקיד שומה פתח תקוה והיה בעל סמכות מנהל רשות המיסים לתיקון שומה לפי סעיף 147 לפקודת מס הכנסה.
טרם כניסתו לחטיבה המקצועית שימש כמפקח מס ראשי בתחום השומה בפקיד שומה חולון ובמסגרת עבודתו טיפל בהיבטי מס מורכבים וערך שומות מס בתיקי חברות ועצמאיים.
רו"ח אלי חייקה מרצה ומתרגל במרכז האקדמי לב (בית הספר הגבוה לטכנולוגיה בירושלים – מכון לב) בחוג לחשבונאות ואף הרצה רבות בקורסי מפקחים של מס הכנסה, מע"מ וחקירות וכן ביצע הרצאות בפקידי השומה בנושאים רבים ומגוונים.
השתתפות בועדות שונות כגון כלכלה שיתופית, סעיף 77, מוסדות כספיים, אקזיטים, צ'ארג'בק, סעיף 147 וכיוצ"ב.
רו"ח אלי חייקה הינו בעל תואר ראשון במנהל עסקים.
כיום משמש אלי כיועץ מקצועי בכיר לחברת פסגות אקוויטי בע"מ בתחום התגמולים ההוניים לעובדים ונושאי משרה וכן בעל משרד רואה חשבון עצמאי